בחסות הסוכנות היהודית, הוקמו חברות לפיתוח תשתית התרבות והכלכלה של ישראל, כגון: חברת התעופה הלאומית "אל על", חברת "מקורות", בנק לאומי לישראל", תיאטרון "הבימה", מוזיאונים ועוד, לצד ישובים בכל רחבי הארץ. מימון פעילותה של הסוכנות היהודית מבוסס בעיקר על תרומות מיהדות התפוצות, ומעמדה החוקי והציבורי של ייחודי ומעוגן בחוק.
עובדי הסוכנות היהודית מבוטחים בקרן הפנסיה קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית, שנוסדה בשנת 1968 כקופת מפעלית לתגמולים, ומיועדת לעמיתים במעמד שכיר ועצמאי. בנוסף לעובדי הסוכנות, מבטחת קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית גם את עובדי ההסתדרות הציונית העולמית, עובדי קרן היסוד, עובדי המגבית המאוחדת וגמלאיהן. כקופה וותיקה, קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית, אינה רשאית לקבל עמיתים חדשים, וזאת בהתאם להחלטת הממשלה הקובעת כי החל מינואר 1995 תפעלנה קרנות הפנסיה הותיקות כקופות סגורות, מבלי יכולת לצרף אליהן עמיתים חדשים. במרץ 2006 אישר הממונה על שוק ההון במשרד האוצר להוסיף לתקנות קרן פנסיית היסוד פרק הקובע את זכויותיהם של עמיתים שהצטרפו בתקופת הביניים, שחלה בין ינואר למרץ 1995.
קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית מנוהלת על ידי "החברה לניהול קופת תגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית לא"י ישראל" המחזיקה בנכסי הקופה בנאמנות, לטובת עמיתי הקופה. החברה המנהלת נרשמה כדין בפנקסי רשם החברות, ומצויה בהליכי אישור של אגף שוק ההון והביטוח במשרד האוצר. מניותיה של קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית נחלקים בין הסוכנות היהודית המחזיקה ב- 50% מהן ובין ארגון עובדי הסוכנות היהודית, האוחז ב- 50% המניות הנותרות. חברי דירקטוריון קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית מתכנסים אחת לחודש, ועדת השקעות של הקופה מתכנסת פעמיים בחודש, וועדת הביקורת של הקופה מתכנסת לפחות 4 פעמים בשנה.
קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית מעניקה לעמיתיה כיסויים חיסכון ביטוחיים לגיל פרישה (פנסיית זקנה), ולמקרים של אובדן כושר עבודה (פנסיית נכות) ופטירה (פנסיית שאירים), בהתאם לתקנות החקיקה לקופות גמל. דמי הניהול שגובה קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית מחשבונות העמיתים, נקבעים בהתאם להוצאותיה בפועל, ולפיכך דמי ניהול אלה, הם מהנמוכים בשוק הפנסיה וההשתלמות בישראל. קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית הינה קרן מאוזנת כלכלית, שלא סבלה מהגירעונות הקשים אשר אפיינו בעיקר את קרנות הפנסיה ההסתדרותיות, אשר נזקקו לסיועה הכלכלי של המדינה. משום כך, לא הוחלו על קופה לתגמולים ופנסיה של עובדי הסוכנות היהודית התקנות שחלו על קרנות הפנסיה הגירעוניות, אשר פגעו בעמיתיהן. איזונה הכלכלי של הקרן מבטיח לעמיתיה תשואות וחיסכון פנסיוני גבוהים במיוחד, שיאפשרו להם ליהנות מקצבאות נאות בהתאם לשימוש, בעת הצורך.